Para marcar a opção "Conferida" nas Notas Fiscais de Entrada e Saída siga os seguintes passos:
 

Passo 1

Entre no menu Operacional > Notas Fiscais > Manutenção de Notas Fiscais e pesquise a nota desejada, e em seguida  clique no botão  ou pela tecla de atalho F3.
 

Figura 01 - Manutenção de Notas Fiscais
 

Passo 2

Ao abrir a nota logo abaixo indicado pela seta existe a opção a ser marcada com o nome Conferida. Se estiver marcada entrará nos arquivos Fiscais, se não estiver não irá entrar.
Após marcada a opção Conferida é necessário  clicar no botão  para salvar a alteração. 

Figura 02 - Opção Conferida