No estado do Paraná na geração do Arquivo Sintegra deve estar marcado uma opção para gerar o arquivo conforme o Layout do Estado.
Para a geração do Arquivo Sintegra com o Layout correto, vá até o menu Fiscal > Geração do Arquivo Sintegra
Figura 01 - Menu Fiscal
Marque a opção "LayOut PR" e 
clique no botão 
ou através da tecla de atalho F3.
Figura 02 - Geração Arquivo Sintegra - Layout PR