Adicionado na versão 2.4.2.11 de 10/02/2016 uma trava na emissão de notas fiscais para não permitir que o destinatário e emitente tenham o mesmo CNPJ, no menu Configurações > Filiais > NF-e > Geral na opção "Bloquear venda NF-e para CNPJ igual ao remetente".
Figura 01 - Configurações filiais - bloquear venda NF-e para CNPJ igual ao remetente