Para que os valores contábeis das Notas Fiscais de Referência apareçam no arquivo do SPED é necessário efetuar os passos abaixo:
Passo
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01
No Linx Farma BIG Big entre no menu Configurações > Filiais na aba EFD> EDF > SPED > Geral.
Figura 01 - Incluir os Valores Contábeis para Notas Fiscais de Referência
Passo
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02
Marque a opção "Incluir os valores contábeis para Notas Fiscais de Referência".
Passo
...
03
Salve o ajuste 
ou através das teclas de atalho Ctrl + G e em seguida gere o Arquivo SPED novamente.