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1. Aperte a tecla Windows no seu teclado ao lado do "Ctrl" ou clique no ícone do Windows do lado inferior esquerdo da sua tela e digite "inetcpl.cpl", tecle ENTER em seguida:
2. Aparecerá a tela abaixo, clique na aba "Conteúdo" e em "Certificados" logo após:
3. Selecione o certificado da filial da qual deseja consultar, verifique também se o mesmo se encontra válido, é possível verificar na coluna ao lado;
3.1. Caso o certificado seja válido, clique em "Exibir":
4. Consulte o número do CNPJ no campo indicado abaixo com as setas, este número deverá bater com o CNPJ da sua filial/empresa;
4.1. Caso o número não esteja em acordo, voce precisará verificar com a sua certificadora o que houve na emissão do certificado:
5. Para validarmos no sistema, acesse Ir para > Utilitários > Empresa > Filiais: 
5.1. Clique em procurar para localizar as filiais e selecione a que deseja verificar e clique em "Alterar Filial":
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5.2. Na aba tributação, encontramos o campo "Certificado digital", nele verifique se o certificado que está selecionado condiz com o que vimos anteriormente no passo 3 e 4 ou se pertence a filial selecionada, se não, clique com o esquerdo no campo para alterar para o correto: