Dúvidas de como instalar e configurar o Backup ? Verifique o artigo Instalação e Configuração do BackupBIG ( Backup ).
O pendrive não poderá ser retirado da máquina do servidor, pois se for retirado, não efetuará os backups nos horários agendados.
Vá em "Meu Computador" e localize o pendrive, crie uma pasta dentro do arquivo que normalmente é E: com o nome BackupBig (E:\BackupBig).
Abra o backupbig (relógio branco que fica no canto inferior direito da tela, conforme Figura 02 abaixo) e vá na opção "Diretórios de Backup" 
.
Clique em "Adicionar Diretório" 
e em seguida selecione o botão 
e localize a pasta que foi criada no pendrive defina o tamanho máximo do diretório, e depois em "Salvar".
Figura 01 - Backup em Pendrive
No campo "Tamanho Máximo Diretório" é necessário colocar o tamanho proporcional a capacidade do pendrive, por exemplo, se o pendrive é de 3gb então coloque o tamanho máximo de 2gb (sempre um a menos por segurança) pois assim ele vai substituir os arquivos mais antigos, ou seja, sobrescrever, e ainda terá espaço para efetuar.
Depois teste um backup selecionando a opção "Efetuar Backup Agora" clique no botão 
e depois 
.
Depois abra a pasta do pendrive e verifique se o arquivo foi salvo.
Com as confirmações feitas, minimize o backup.
Verifique se o ícone do BackupBIG está ativo do lado do relógio.
Figura 02 - Ícone BackupBIG