Vá até o menu Cadastros > Produtos > Preço nas filiais e  clique  no botão  ou aperte a tecla de atalho F3, os campos que aparecem em vermelho são os produtos com preço filial na própria loja.
 

Figura 01 - Alteração Preços Filial
 
 Clique no menu Manutenção e escolha a opção desejada. Se for apagar todos os produtos então escolha a opção Marcar Todos - Ctrl + F6.
E para excluir vá até o menu Manutenção e escolha a opção Excluir Registros Marcados - Ctrl + Del. 
Será exibida uma mensagem com a quantidade de produtos excluidos dos Preços Filiais (preços diferenciados por filial).
 

    Nota

Serão excluídos todos os produtos que possuem preço diferenciado na loja (filial) onde foi executado o procedimento.
Esta informação não mais retornará ao Linx Farma BIG.
 
Uma forma de saber quantos produtos possuem o cadastro de preço diferenciado (preço filial) é indo ao menu Cadastros > Produtos > Produtos ou pelo botão  na barra de menu rápido, e  clicar no menu Manutenção e escolher a opção "Produtos com preço filial" e será visualizado na grade todos os produtos constantes no cadastro com a marcação em vermelho (Preço Filial) e no canto inferior esquerdo a quantidade de registros.
 

Figura 02 - Cadastro de Produtos com Preços Filial