Analisando o código foi verificado que realmente a Associação da Assinatura só estava ocorrendo quando era utilizado um SAT local, ou seja, 1 SAT para um único PDV.
Quando habilitado o MID-e Client Agent o SAT se torna "remoto" e a Associação da Assinatura não ocorre.
A melhoria consiste em desenvolver o processo de Associação da Assinatura quando o MID-e Client Agent estiver habilitado.
Não foi possível executar os testes porque a Associação da Assinatura é somente em PRD, e em um aparelho novo.
Lembrando também que deve ser instalada a versão mais recente do MID-e Client Agent que no caso é a versão 05.78.00