Para maiores informações acesse o link abaixo:
Essa melhoria está disponível a partir da versão 2.5.10.0
Assista ao vídeo DicaLinx para saber mais sobre Valor de ICMS Desonerado
Figura 01 - Nota Fiscal Eletrônica
Entrada/Compra
Na importação de XML o comportamento pode ser diferente, se o valor está sendo descontado ele vem marcado, se não está sendo descontado ele virá desmarcado.
Figura 02 - Entrada/Compras
Durante o processo de entrada do produto, os itens antes não marcados aparecerão habilitados, e o sistema verificará se o valor total Liquido bate com valor total da Nota para identificar se o ICMS Desonerado será abatido ou não.
Caso seja necessário, o sistema permitirá a alteração neste campo apenas ao ativar a opção "Liberar Digitação Manual dos impostos Ctrl+A" no botão 
.
Para entrada manual, o sistema deverá descontar o valor no total ao marcar esta opção.
Figura 03 - Entrada/Compras - Habilitado
Em seguida selecione a opção Soma frete no total da nota / Descontar desonerado e aparecerá a seguinte tela.
Figura 04 - Entrada/Compras - Rateio de Impostos
A marcação da opção Descontar Desonerado dependerá da informação contida no XML.
Detalhes da NF-e/XML de Entrada
Através dessa nova funcionalidade, também foram incluídas as opções Valor ICMS Deson. e Motivo Desoneração que serão preenchidos de acordo com o XML.
Para reproduzir a tela vá até o menu Operacional > Manutenção da NF-e/XML de entrada no botão 
e aparecerá a seguinte tela:
Figura 05 - Detalhes da NF-e/XML de Entrada
Manutenção de Notas Fiscais
Na tela de Manutenção de Notas Fiscais também teve a inclusão da nova funcionalidade.
Para reproduzir a tela vá até o menu Operacional > Notas Fiscais > Manutenção de Notas Fiscais no botão 
Individual > Visualizar NF.
Figura 06 - 370 Nota Fiscal
Com isso terá uma nova aba Informações adicionais, onde estarão as informações dos ICMS
Figura 07 - 370 Nota Fiscal
Emissão de NF-e e NFC-e (Operação de Saída)
Na importação de XML o comportamento pode ser diferente, se o valor está sendo descontado ele vem marcado, se não está sendo descontado ele virá desmarcado.
Figura 08 - Notas Fiscais - Descontar Valor Desonerado no Total da Nota Fiscal
Apuração do EFD ICMS/IPI e SPED PIS/COFINS
Quando o valor de ICMS Desonerado for abatido do total da nota, o valor desonerado registrado por item deverá ser considerado (abatido) para composição do Registro C190.
Neste caso o valor desonerado deve ser abatido do valor informado no Campo 05-VL_OPR.
Figura 09 - Nota Fiscal Eletrônica - Versão 3.10
Ao realizar a geração do arquivo SPED PIS/COFINS, se houver valor referente ao ICMS Desonerado nos documentos de entrada ou saída, esse valor será escriturado no registro C100 no Campo 15.
Também ao marcar o parâmetro 
(Figuras abaixo) "Descontar valor desonerado no total da nota fiscal" na tela "370 Nota Fiscal" e "Notas Fiscais de Outras Operações (Produtos)" será subtraído o valor do registro C100 - Campo 12 com o total do Valor Desonerado.