Para inserir o logo da Filial ou uma imagem na nota fiscal eletrônica siga os passos abaixo:
Vá até o menu Configurações > Filiais > NF-e > Geral;
Ao lado possui um campo para buscar a imagem "Logo da filial a ser impresso no DANFE".
Figura 01 - Configurações Filiais - Aba NF-e
Inclua a imagem desejada 
clicando no botão 
e em seguida salve a alteração no botão 
ou através das teclas de atalho Ctrl + G, se desejar poderá ser emitida uma nota para verificar a imagem na DANFE.