No estado do Paraná na geração do Arquivo Sintegra deve estar marcado uma opção para gerar o arquivo conforme o Layout do Estado.

Para a geração do Arquivo Sintegra com o Layout correto, vá até o menu Fiscal > Geração do Arquivo Sintegra

Figura 01 - Menu Fiscal

Marque a opção "LayOut PR" e  clique no botão  ou através da tecla de atalho F3. 

Figura 02 - Geração Arquivo Sintegra - Layout PR