A mudança de versão da NF-e para a 3.10 é bem simples.

Para alterá-la vá até o menu Configurações > Filiais > NF-e, e selecione a opção 3.10 no campo em destaque.



Figura 01 - Configurações filiais - aba NF-e



Vale ressaltar, que ao ativar a 3.10 do lado direito no canto aparece a opção "Enviar NF-e de modo síncrono (apenas versão 3.10)"  marcada automaticamente porém ela deve permanecer ativada apenas para os estados: AC, AM, MA, MT, RN, RO, RS e SE.


Fonte: http://www.flexdocs.com.br/guiaNFe