A partir da versão 2.4.2.8 de 25/01/2016 foi realizado uma revisão nos relatórios dos menus Relatórios > Centro de Custos, Perdas e Dev. de produtos (Analítico e Sintético) e Meus Relatórios > Gerencial > Perdas > Analítico de Perdas pois os mesmos apresentavam valores divergentes, pois no relatório analítico de perdas não estava apresentando o valor total correto devido ao agrupamento dos produtos, e o relatório de Centro de Custos, Perdas e Dev. de produtos (Sintético) não estava considerando o filtro de produto apagado.
Solução rápida- Atualize a versão para 2.4.2.8 ou superior.