No POS não é permitido alterar o preço do item manualmente como no frente de loja.
O que define esta proibição é uma regra do PAF-ECF. ATO COTEPE/ICMS N° 6, DE 14 DE ABRIL DE 2008, disponível em http://www.fazenda.gov.br/confaz/confaz/atos/atos_cotepe/2008/ac006_08.htm
São vários requisitos, dentre eles: XI - 4 e XXI - 8 Onde diz: Na hipótese de possibilitar, na tela onde serão registrados dados de venda, de pré-venda ou do DAV, acesso pelo usuário ao campo valor unitário da mercadoria ou produto e sendo alterado o valor unitário capturado da tabela de que trata o requisito XI, registrar a diferença como desconto ou acréscimo, conforme o caso, enviando ao software básico do ECF o comando por ele exigido para a impressão do desconto ou do acréscimo no Cupom Fiscal.