Para definir na emissão da NF-e se deseja que saia o Nome Fantasia ou a Razão Social siga os passos abaixo:
Passo 01
Vá até o menu Configurações > Filiais > NF-e > Geral.
Passo 02
No lado direito localize o campo "Nome da filial a ser destacado na Nf-e (Danfe e XML)".
Passo 03
Marque a opção que deseja destacar na emissão da NF-e (Nome Fantasia ou Razão Social).
Figura 01 - Configurações Filiais - Aba NF-e
Passo 04
Salvar a alteração feita e se desejar realizar um teste sobre a emissão.