Para que os valores contábeis das Notas Fiscais de Referência apareçam no arquivo do SPED é necessário efetuar os passos abaixo:
Passo 1
No Linx Farma BIG entre no menu Configurações > Filiais na aba EFD.
Figura 01 - Incluir os Valores Contábeis para Notas Fiscais de Referência
Passo 2
Marque a opção "Incluir os valores contábeis para Notas Fiscais de Referência".
Passo 3
Salve o ajuste 
ou através das teclas de atalho Ctrl + G e em seguida gere o Arquivo SPED novamente.