Ao fazer entrada de compra, não está destacando ICMS.

Se a empresa é optante pelo Simples, ela não faz destaque de ICMS.
Conforme Lei Complementar 123/2006, artigo 23: Empresas do simples não tem o direito de se creditarem de ICMS, sendo assim elas não podem destacar ICMS em campo próprio na entrada de NF. No link abaixo no site da fazenda de SP podes verificar a lei nacional.
Caso o contador do cliente tenha um amparo legal que alegue uma particularidade deverá ser solicitada uma customização
. http://www.pfe.fazenda.sp.gov.br/simplesnac_peresp.shtm

Empresa do Simples Nacional possui direito a crédito?
Não. De acordo com o caput do Art.23 da Lei Complementar 123/07: “Art. 23. As microempresas e as empresas de pequeno porte optantes pelo Simples Nacional não farão jus à apropriação nem transferirão créditos, relativos a impostos ou contribuições abrangidos pelo Simples Nacional, para outras empresas optantes deste regime”."

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