Existe uma configuração padrão do Windows 7 para a correção dos erros internos que restaura a Área de Trabalho, com isso fazendo sumir todos os atalhos.
Solução rápidaPara solucionar o erro vá no menu do painel de controle do Windows na opção Alterar configurações de solução de problemas, mude o campo "Ativado" para "Desativado".
Solução detalhada
Segue o passo a passo para solução e retorno de todos os atalhos.
Passo 01
Selecione o Menu iniciar , e 
clique na opção Painel de controle:
Figura 01 - Menu inicial
Passo 02
Aparecerá a seguinte tela.
Figura 02 - Painel de controle
Caso não esteja nessa tela, mude a exibição dos itens para "Categoria", e clique na opção "Encontrar e corrigir problemas":
Passo 03
No canto esquerdo, clique em "Alterar Configurações":
Passo 04
Altere a opção "Ativado" para "Desativado".
Figura 04 - Alterar configurações de solução de problemas
Após isto confirme clicando em "OK".