Indo em Operacional > Administração de Produtos Controlados no botão 
opção "Gerar arquivo de Inventário",
Figura 01 - Gerar arquivo de inventário
Serão visualizados todos os produtos com estoque que serão gerados no inventário inicial.
Os produtos corretos estarão com o sinal de check verde 
, os com 
possuem alguma divergência relativa ao Controle Especial, Lote, ou Registro MS.
O filto pode ser feito separado através das opções acima
Figura 02 - Geração de arquivo SNGPC
Erros registro MS
Para corrigir o erro relativo ao registro ms, 
clique duas vezes sobre o produto para que seja aberto o cadastro. Com o cadastro aberto, vá até a aba "Inf. Medicamento" e coloque o registro ms, salve o registro e feche a tela.
Figura 03 - Correção registro MS
Erros lote
O erro de lote ocorre devido ao estoque do produto estar um valor, e somando o estoque dos lotes está outro, por exemplo, o produto tem 3 em estoque, porém em lote 2 em estoque.
Figura 04 - Erro de lotes
Caso o ESTOQUE DO PRODUTO esteja correto e apenas o ESTOQUE DO LOTE errado, clique duas vezes sobre o produto e aperte a tecla F10 ou vá até o menu Manutenção > Acertar Estoque de Lotes, acerte o estoque dos lotes, de modo que fique igual ao estoque do produto.
Figura 05 - Alterar estoque do lote
Após alterar feche a tela de produtos, porém dessa vez, a tela para gerar o arquivo de inventário precisa ser reaberta para que o estoque seja atualizado, caso contrário o erro vai permanecer mesmo com o produto corrigido.
Caso o estoque do produto esteja errado, clique no botão 
e localize o produto.
Com o produto encontrado, coloque o valor correto no campo "estoque", em seguida vai aparecer a tela de lotes, coloque a quantidade correta de cada lote no campo "Qtde Contado", assim que alterar é só voltar na tela de gerar arquivo de inventário novamente.
Figura 06 - Acerto de lotes
Nota
Não pode ser feito movimentação no mesmo dia após o envio do inventário, somente no dia seguinte.
Erros Ctrl. especial
Este erro ocorre devido ao produto estar como psicotrópico e antimicrobiano, para corrigir clique duas vezes, e coloque o controle especial correto, se for antimicrobiano, coloque como antimicrobianos no campo "controle especial" da aba outros dados, e tire do grupo controlado.
Se o produto for psicotrópico, deixe-o no grupo de controlado e na aba outros dados, campo controle especial coloque "sem controle especial". Em seguida feche a tela de cadastro
Figura 07 - Cadastro grupo controlado