Ao abrir a nota de devolução era possível notar que independente do totalizador fiscal usado na venda, o sistema trazia a CST de ICMS como '000' e valores de base, alíquota e valor de ICMS zerados, o que impedia a emissão da nota.
Na versão 2.4.3.0 de 03/03/2016 foi adicionado filtro no procedimento de emissão de NF de devolução cliente para que itens cancelados não sejam considerados na emissão da NF, evitando que os campos de CST de ICMS fiquem como '000' e valores de base, alíquota e valor de icms saiam zerados.
Solução rápida- Atualize a versão para 2.4.3.0 ou superior.