Na versão 2.4.2.11 de 10/02/2016 foi desativado a validação realizada para todos os registros de entradas já importadas, pois somente um registro está selecionado e ao percorrer o registros todas as NFe's são validadas novamente sem necessidade no momento de importar.
A validação dos registros era realizada no momento de acessar a tela ou marcar a nota para ser importada através do F5 - Marcar/Desmarcar, caso apresentasse alguma inconsistência o Linx Big não permitia nem selecionar a nota, por isso não há necessidade de validar novamente no momento de importar pois a mesma já foi validada anteriormente.
Solução Rápida- Atualize a versão para 2.4.2.11 ou superior.