Para fazer um depósito vá até o menu Financeiro > Controle financeiro, selecione a conta que irá receber o depósito, 
clique com o botão direto e vá em "Depósitos", ou no menu Arquivo > Novo > Depósitos.
Figura 01 - Depósitos
Selecione o tipo do depósito se em dinheiro ou cheque, o número do envelope, e a data do depósito
Figura 02 - Inserir Depósito
A partir da versão 2.4.4.8 de 14/06/2016 é possível utilizar o número do envelope na tela de pesquisa de depósitos. Para saber mais acesse o artigo Pesquisa pelo número do envelope de depósito.
Depósito em Dinheiro
Selecionando a opção "Em Dinheiro", 
clique em 
, ou pela tecla de atalho F3.
Irá aparecer as contas caixas, o valor do depósito será debitado dela e lançado através de um registro previsionado na conta para a conciliação futura, e após é só clicar em , o pela tecla de atalho F3.
Figura 03 - Saldo das Contas Caixa
Depósito em Cheque
Selecionando a opção "Em Cheque"
Figura 04 - Inserir Depósito
Irá aparecer uma tela para selecionar cheques emitidos e recebidos de clientes, selecione qual deseja e clique em 
.
Figura 05 - Pesquisa de Cheques
Na nova tela pesquise o cheque, e clique em 
.
Caso tenha associado errado clique em 
.
Figura 06 - Cheques Utilizados
Se tudo estiver certo confirme no botão , ou pela tecla de atalho F3.
Com os valores já lançados clique em 
.
Figura 07 - Efetuar Depósitos
Com isso o depósito já esta lançado na conta financeiro, sendo assim necessário fazer futuramente a conciliação.
Conciliação Manual
Para isso clique com o botão direito do mouse sobre a conta que receberá o depósito e escolha a opção "Conciliação Manual".
Figura 08 - Conciliação Manual
Irá aparecer a seguinte tela:
Figura 09 - Inicio da Conciliação
Insira a data de encerramento e o saldo final disponível e pressione o botão 
, onde seguirá para a seguinte tela:
Figura 10 - Seleção dos Registros a Conciliar
Dúvidas de como realizar a conciliação ? Verifique o artigo Como Fazer Conciliação Manual.