Ajustes realizados na versão 2.4.3.0 de 03/03/2016 na geração do Sintegra no registro 60A, onde os Totalizadores de Cancelamento e Desconto de ISSQN não estavam sendo informados separadamente, os mesmos estavam sendo somados e inclusos ao valor do totalizador de ISS.
Solução Rápida- Atualize a versão para 2.4.3.0 ou superior.