Solução Rápida

Crie um arquivo bat, no bloco de notas (notepad), salve o arquivo como comunicabig.bat e coloque no inicializar do windows.
Da mesma forma crie um novo arquivo bat e salve o arquivo como agendabig.bat e coloque no inicializar do windows.
 
 

Solução Detalhada

01 - Crie um arquivo bat, para isso abra um bloco de notas (notepad), dentro do bloco coloque os seguintes dados:

Comunicabig

cd\sistemabig
ping -n 15 localhost > nul
start comunicabig.exe
exit
 
02 - Salve o arquivo como comunicabig.bat e coloque no inicializar do windows.
 
03 - Crie um novo arquivo bat, com os seguintes dados:

AgendaBig

cd\sistemabig
ping -n 15 localhost > nul
start agendabig.exe
exit
 
04 - Salve o arquivo como agendabig.bat e coloque no inicializar do windows.
 
05 - O ping irá aguardar 15 segundos antes de chamar o comunicaBIG.exe e/ou agendabig.exe dando tempo assim para o MySQL ser iniciado antes que o comunicaBIG ou agendabig seja aberto.
 

    Nota

Em anexo podem ser baixados os dois bats inclusive com alguns parâmetros a mais, pois neles contêm o aviso para não fechar o bat que irá fechar automático.