Para que os valores contábeis das Notas Fiscais de Referência apareçam no arquivo do SPED é necessário efetuar os passos abaixo:
Passo 01
No Linx Farma Big entre no menu Configurações > Filiais > EDF > SPED > Geral.
Figura 01 - Incluir os Valores Contábeis para Notas Fiscais de Referência
Passo 02
Marque a opção "Incluir os valores contábeis para Notas Fiscais de Referência".
Passo 03
Salve o ajuste 
ou através das teclas de atalho Ctrl + G e em seguida gere o Arquivo SPED novamente.