O retorno MC003 pode ocorrer por 3 motivos:
1 - O Cliente de fato não está cadastrado no ambiente ao qual está tentando emitir.
2 - O Json está sendo emitido com um CNPJ diferente do CNPJ configurado no Client. (Lembrando que quem envia o Json é o PDV, então no PDV está um CNPJ diferente do CNPJ configurado no Client)
3 - Caso seja SAT, o aparelho SAT deve estar configurado corretamente com o CNPJ do Client e também assinaturas conforme o Fiscal Flow.
Dentre eles, o caso mais comum é quando o PDV está utilizando um CNPJ e o Client está configurado com outro CNPJ.
É possível constatar isto realizando a abertura do log "NFCE" e verificar o json que está sendo enviado pelo PDV, se o Json estiver com um CNPJ diferente do CNPJ que está parametrizado no client, é por este motivo que está ocorrendo o MC003.
Caminho para localização dos logs no FISCAL FLOW CLIENT 1.0: "C:\Program Files (x86)\Linx Sistemas\Linx MIDe Client\Logs".
Caminho para localização dos logs no FISCAL FLOW CLIENT 2.0: "C:\Program Files (x86)\Linx\Fiscal Flow Client\log".