No estado do Paraná na geração do Arquivo Sintegra deve estar marcado uma opção para gerar o arquivo conforme o Layout do Estado.
Para a geração do Arquivo Sintegra com o Layout correto, vá até o menu Fiscal > Geração do Arquivo Sintegra
Figura 01 - Menu fiscal
Marque a opção "LayOut PR" e clique no botão ou através da tecla de atalho F3.
Figura 02 - Geração arquivo Sintegra - layout PR