Na versão 2.4.2.8 de 25/01/2016 foram realizados ajustes no relatório do menu Meus Relatórios > Gerencial > Lucratividade > Lucratividade por Filial, corrigindo as vendas que estavam sendo visualizadas em duplicidade;
Solução rápida- Atualize a versão para 2.4.2.8 ou superior.