Em alguns casos pode-se possuir algum arquivo ou pasta e não desejar que o mesmo seja detectado pelo Microsoft Security Essentials.
Neste caso é só adicionar uma exceção no anti-vírus para que este(s) item(ns) não seja(m) mais escaneado(s). Para isto 
clique com o botão direito do mouse sobre o símbolo do Microsoft Security Essentials (ao lado do relógio do Windows) e escolha a opção Abrir.
Figura 01 - Ícone microsoft security essentials
Então será aberta a tela abaixo:
Figura 02 - Microsoft security essentials
Clique na aba Configurações > Arquivos e locais excluídos botão Adicionar.
Figura 03 - Configurações
Será aberta a tela abaixo em que basta selecionar o(s) item(ns) que deseja que o anti-vírus não escaneie e clique no botão 
.
Figura 04 - Adicionando itens na exceção
Caso existam outros itens à serem ignorados durante o escaneamento basta que repita o procedimento acima acrescentando um item de cada vez.