O problema ocorre porque a nota ainda está pendente na tela de conferência, por isso a tabela correspondente ainda não foi atualizada.
A partir dessa versão 2.4.2.8 de 25/01/2016 foi realizado uma melhoria no agrupamento de itens na tela de conferência de entradas, que ao ser utilizado o botão 
no item Agrupar Itens Alt+F2, era alterado o estoque inicial no acompanhamento do produto.
Solução rápida- Atualize a versão para 2.4.2.8 ou superior.