A Anvisa não possui nenhuma restrição quanto a ser feito entradas e saídas de um mesmo produto no mesmo dia, com isso pode sem problemas efetuar entrada e saída do mesmo produto.
O que não pode ser feito é a saída antes da entrada, pois dessa forma o arquivo volta como venda antes da entrada.
Se no arquivo acusar algum erro e estiver ligado a essa situação, deve-se verificar o lote, registro ms, pois o erro está sendo causado por outro motivo.
Nota
Para analisar melhor o erro verifique o artigo Principais erros de retorno no SNGPC.