Para que seja possível a emissão da NF-e pelo Linx Auto será necessário definir os seguintes parâmetros:
1) Entre em contato com o suporte do Linx Auto para solicitar a senha do Fiscal Flow.
1.1) Para cadastrar a senha siga os seguintes passos:
- Acesse o modo "Linx Administrativo"
- Escolha a opção "Nota Fiscal"
- Clique na opção "Telas de Apoio"
- Clique em "Configurações de Conexões Externas"
- Clique no botão de editar e altere a senha no campo "Senha"
Feito isso, clique em salvar.
2) Acesse o menu: "Configurações", "Configurações"
3) Na tela de configuração faça o Upload do certificado conforme Print:
4) Informe o responsável, a senha do certificado e escolha o arquivo. Após isto clique em ENVIAR.
5) Acesse o menu: "Configurações", "Cadastro Filial"
6) Na Aba "Dados Cadastrais", informe o CEP da Loja (mesmo que os campos estejam preenchidos, as informações devem ser apagadas e inseridas novamente). 
Possíveis falhas que podem ser apresentadas caso esse passo não seja executado.
7) Na Aba "Dados da Filial" informe:
- Código Indicador Fiscal
- Código Regime Tributação
- "Inscrição Estadual" e "Inscrição Municipal" da Loja.
Possíveis falhas que podem ser apresentadas caso esse passo não seja executado.
8) Acesse o menu: "Fiscal", "Cadastro de Serie de Nota Fiscal" conforme print abaixo:
Observação: Os menus não ficam disponíveis diretamente em tela, existindo duas possibilidades de acesso a eles:
8.1.1) Na tela de acesso ao sistema selecionar a opção "Todos os Módulos":
8.1.2) E na sequência:
8.2) Ou pelo menu de pesquisa descrever o nome do menu que deseja acessar:
9) Nesta tela informe o código da serie que será utilizada, bem como a numeração da ultima nota fiscal emitida antes do uso do Linx Auto, conforme print abaix
Todos os campos com SETAS, deverão ser preenchidos.
- Código da Série: informe um código numérico, por exemplo: 01
- Série: Este é um campo Alfa Numérico. Defina números ou letras, por exemplo: 01 ou UN
- Código do Modelo Fiscal: Informe 55
- Modelo Fiscal: Será preenchido automaticamente.
10) No menu FILIAL selecione o + (mais), clique em CNPJ da Filial e em seguida clique em pesquisar (Lupa). Selecione a filial e os demais campos serão preenchidos. No campo "Número Atual" informe o número da ultima nota emitida pelo cliente.
11) No "Monitor de Emissão de Notas" na aba "Fiscais", gere a nota e clique no botão "Autorizar".
12) Após estas configurações, valide as regras de imposto no "Cadastro de Regra de Imposto Especifica" (que já estão incluídas). Esta validação levará em conta os dados contidos na ultima nota fiscal que a loja emitiu em outro sistema e as informações fiscais fornecidas pelo contador da loja.