Para alterar as taxas da credenciadora vá até o menu Cadastros > Financeiros > Credenciadoras de Cartões e selecione a credenciadora, em seguida selecione a aba Financeiro.
Escolha o tipo de pagamento e a forma (essas opções estão definidas no Linx Farma Big no menu Cadastros > Tipos e Formas de Pagamento) e 
clique em 
ou pela tecla de atalho F11.
Para ver o processo completo acesse Alteração das taxas das credenciadoras de cartões