Sim, é possível cancelar uma fatura através do Linx Conecta no menu Financeiro > Faturas.
Pesquise a fatura utilizando os filtros disponíveis, selecione a fatura desejada e 
clique com botão direito do mouse na fatura.
Vá em Manutenção de Faturas e clique 
na opção Cancelar Fatura.
Será exibida uma mensagem de confirmação, onde basta 
clicar em Sim para que a fatura seja cancelada.