Sim. Existem duas formas de tratar um valor de desconto na fatura.
Desconto destacado
Será exibido no boleto informado no campo de desconto.
Por exemplo:
Sendo o valor bruto da fatura de R$ 45,00 e tendo um desconto de R$ 5,00, no boleto será apresentado o valor bruto de R$ 45,00, o desconto de R$ 5,00 e o valor final de R$ 40,00.
Desconto como abatimento
Será exibido no boleto já descontado no valor final do boleto.
Por exemplo:
Sendo o valor bruto da fatura de R$ 45,00 e tendo um desconto de R$ 5,00, no boleto será apresentado apenas o valor final de R$ 40,00.
Essa configuração é encontrada no Cadastro de Empresa > Aba Dados adicionais conforme imagem abaixo.
Figura 01 - Cadastro de Empresa