A nota fiscal de referência não bate com a contas a receber, porque o contas a receber traz somente o que foi finalizado em convênio no cupom, já a nota fiscal de referência utiliza o valor total da venda, independente da forma de pagamento.
Por Exemplo:
Uma venda de R$ 65,33, sendo
- R$ 6,49 em dinheiro e
- R$ 58,84 em convênio
Figura 01 - Venda
No contas a receber só trará o que foi fechado no convênio, que está em debito na conta do cliente, ou seja, R$ 58,84.
Figura 02 - Contas a Receber
Já a nota fiscal de referência vai trazer o cupom todo, independente do tipo de pagamento, ou seja, a somatória do valor fechado em dinheiro mais 
o valor do convênio.
Figura 03 - Nota de Referência