Vá até o menu Cadastros > Produtos > Preço nas filiais e 
clique no botão 
ou aperte a tecla de atalho F3, os campos que aparecem em vermelho são os produtos com preço filial na própria loja, clique no menu Manutenção e escolha a opção desejada.
Para ver o processo completo acesse Apagar todos os preços filiais da própria loja (filial)