Entre no menu Operacional > Notas Fiscais > Manutenção de Notas Fiscais e pesquise a nota desejada, e em seguida
clique no botão 
ou pela tecla de atalho F3.
Ao abrir a nota logo abaixo existe a opção a ser marcada com o nome Conferida.
Para ver o processo completo acesse Marcar a opção conferida nas notas fiscais de entrada e saída